동쪽은 통영시, 서쪽은 한려수도를 사이에 두고 전라남도 광양시·여수시, 북쪽은 사천시·하동군과 접하고, 남쪽은 남해에 면한다. 1읍 9면으로 이루어졌으며 군청소재지는 남해읍 서변리이다.
한국에서 네 번째로 큰 섬인 남해군은 68개의 섬으로 이루어져 있다. 국내 섬 가운데 가장 산이 많다. 주민의 대부분이 큰 섬인 남해도와 창선도에 거주하고 있다. 유인도인 조도·호도·노도에는 69가구 189명이 생활하고 있다. 나머지 65개의 섬은 사람이 살지 않는 무인도로 빼어난 절경을 갖추고 있다. 1973년 6월 길이 660m의 남해대교가 개통되면서 육지와 직접 연결되었고, 1980년 창선교가 놓이면서 남해도와 창선도가 연결되었다.
소백산맥 줄기가 남해안까지 뻗어져서 이루어진 남해도에는 망운산(786m)·금산(701m)·송등산(617m), 창선도에는 대방산(468m) 등 험준한 산들이 솟아 군의 대부분이 산지로 되어 있다.
관광지는 한려해상국립공원, 남해대교, 금산·상주 해수욕장, 임진성(壬辰城), 대국산성 등이 있다. 또한 금산·망대·보리암·문장암·대장봉·삼불암·쌍홍문 등의 명승지가 있다.
2001년 현재 국가지정문화재는 관음포 이충무공전몰유허(사적 232), 남해 충렬사(사적 233) 등 사적 2점과 물건리 방조어부림(천연기념물 150), 남해 산닥나무자생지(천연기념물 152) 등 천연기념물 5점이 있다. 도지정문화재로는 다정리 3층석탑(경남유형문화재 73) 등 유형문화재 7점, 남해 상주리 석각(경남기념물 6) 등 기념물 10점, 민속자료 1점, 문화재자료 10점이 있다.
가천과 대지포 해안관광도로, 서포 김만중의 유배지였던 노도와 앵강만, 물건방조림과 물미해안, 지족해협의 원시어업 죽방렴 등도 훌륭한 관광자원이다. 특히 지족해협의 자연조건을 활용한 죽방렴 어업은 이제는 사라져가는 새로운 관광자원으로 각광받고 있다.
문화축제로는 남해일출제를 비롯해 화전문화제·전복축제·멍게축제·달맞이축제·단풍축제·충무공노량해전승첩제 등이 있다. 화전문화제는 군민의 날을 맞아 격년제로 열리는 행사로, 줄다리기·널뛰기 등의 민속놀이와 다양한 예술행사 및 체육대회가 펼쳐진다. 일출명소로는 금산, 망운산, 설흘산, 대방산, 가천 바다 등이 있다.